La acest punct, partea lung a osului, care a început ca cartilaj, este os compact, cu maduva osoasa roșu în centru. Formarea osului endocondrală anunță cu epifizele, capetele oaselor. Centre de osificare secundar dezvolta pentru a forma oase, deși, spre deosebire cu centrul osificare primară, os spongios rămâne în centrul epifize loc de măduvă.
Acest proces utilizează celule nediferentiate, sau celule care se pot dezvolta in orice tip de celule , pentru a face oasele. Lucrul uimitor despre POP este că organismul convinge celule nediferentiate în tendoanele, ligamentele si muschii sa se transforme in ceva complet diferit. Organismul nu în mod normal funcționează în acest fel. Cu FOP, ligamentele si tendoanele și alte țesuturi conjunctive toate trec prin acest proces de formare a oaselor. E normala a oaselor, dar în locul nepotrivit, la momentul nepotrivit. Aceasta se numește osificare heterotopica.
La pacienții FOP, formarea osoasa suplimentar începe aproape întotdeauna la gât, umeri și coloanei vertebrale. Numai atunci se muta la alte articulații.
Deci, ce se întâmplă cu FOP? O mutație în receptorul activin genă care codifică IA (ACVR1) spune organismul pentru a face un schelet in plus. Această genă ajută proteine morfogenetice osoase controlul, sau BMP. În FOP, gena este activ fără BM
