Pasteur a devenit primul care arata ca lucrurile vii veni numai de la lucrurile vii. El a demonstrat că microorganismele ar urma să crească în bulion sterilizat numai în cazul în care bulionul a fost expus prima la aer care conține spori lor (celule reproductive). Descoperirile Pasteur a dus la dezvoltarea teoriei celulei de origine a materiei vii. Teoria celule afirmă că toată viața provine din preexistente material viu. Pasteur, de asemenea, a arătat că, deși bacterii vii aproape peste tot, răspândirea lor poate fi controlată.
De 10 de ani, de la 1857 Pasteur a lucrat ca director de studii științifice la Ecole Normale. El a părăsit acest post în 1867 să se concentreze pe cercetare lui. La începutul anilor 1860, el a dat seama că vin apoi amar din cauza microbi (germeni) care intră vinul în timp ce se face. El a arătat că aplicarea unei cantități controlate de căldură ar putea ucide microbii fără a schimba aroma vinului. Această utilizare a căldurii ca un mijloc de a ucide microbii a devenit cunoscut ca pasteurizare, după Pasteur. Pasteur folosit, de asemenea această metodă pentru a păstra lapte, bere, și alimente.
În 1865, Pasteur stabilit pentru a ajuta industria de mătase. O boala numita pebrine omora un număr mare de viermi de mătase. El a lucrat mai mulți ani pentru a dovedi că un microb care ataca ouă de viermi de mătase cauzeaza boala. El a arătat că eliminarea acest germene în pepiniere de viermi de mătase ar șterge boala. Cercetarile sale in boala viermilor de mătase salvat industria de mătase în sudul Franței.
Pasteur a demonstrat că multe boli sunt cauzate de germeni care se multiplica in organism. De asemenea, el a dovedit că, dacă microbii sunt slăbite într-un laborator și apoi plasate în corpul unui animal, animalul dezvoltă o imunitate (rezistenta) la microb. El a numit această metodă de luptă în afara vaccinare microbi. Pasteur a demonstrat valoarea de vaccinare prin vaccinarea împotriva oi o boală infecțioasă gravă numită antrax. Idei Pasteur împrumutate de la succesul de Edward Jenner, un medic britanic care în 1790 a avut descoperit o metodă sigură de a face oameni imune la variola. Jenner inoculat un băiat cu materia de la o rană cowpox. Băiatul a dezvoltat cowpox, o boala relativ inofensiv legate de variola. Dar când Jenner mai târziu injectat băiatul cu materia de la un inflama
