Fischer a murit în iulie 1919. Unele surse spun că a murit de cancer, dar altii spun ca sa sinucis, epuizat de muncă și profund deprimat de moartea a doi dintre fiii săi în timpul primului război mondial I. După moartea sa, Chemical Society german a instituit Medalia Memorial Emil Fischer în onoarea sa.
singurul fiu supraviețuitor Fischer, Herman Otto Laurenz Fischer, a devenit un chimist organic distins si un profesor de chimie la Universitatea din California din Berkeley. În 1952, acest fiu dedicat Fischer Biblioteca Emil de la Universitatea din California. Lucrari de colectat case facilitatea de Fischer, inclusiv manuscrisul pentru autobiografia sa neterminate (Aus meinem Leben, sau din viața mea), dosarele de cercetare, și a lui corespondența primul război mondial. 
[1] [2]