Whipple a contribuit la vârsta spațiu în anii 1950, când a dezvoltat o rețea mondială de observatori profesioniști și amatori pentru a urmări sateliți. În 1957, când sovieticii au lansat Sputnik, primul satelit, voluntarii Whipple a observat și a raportat pe orbita satelitului.
De la 1955-1973, Whipple a fost director al Observatorului Smithsonian Astrophysical (SAO), un birou de Institutul Smithsonian. În momentul în care a luat poziția, organizația sa bazat în Washington, DC Unul dintre primele sale taxelor a fost de a ajuta muta sediul la Cambridge, Massachusetts. În 1973, Sao fuzionat cu Colegiul Observatorul Harvard pentru a deveni Centrul Harvard-Smithsonian pentru Astrofizica (CFA). În același an, a devenit Whipple cercetator principal la organizarea.
În 1960, el a se desfășoară în colaborare Mirror Multiple Telescopul pe Muntele Hopkins, aproape de Amado, Arizona. Instrumentul a fost alcătuit din șase oglinzi telescop mare care funcționează ca unul, și a fost primul de acest gen. În 1982, facilitatea de Arizona a fost redenumit Observatorului Fred Lawrence Whipple. Observatorul, care face parte din CFA, conține una dintre cele mai mari telescoape oglindă în Statele Unite ale Americii.
Whipple a fost atribuit un număr de onoruri a lungul carierei sale lungi si distins. El a primit șase medalii Donahue în recunoaștere a șase comete el descoperit. Alte premii includ J. Lawrence Smith Medalia al Academiei Nationale de Stiinte în 1949, Medalia Kepler a Asoc