Atunci când, în 1854, Congresul a creat teritoriile Kansas și Nebraska, Dakota de Vest a devenit parte a teritoriului Nebraska. Acest lucru a deschis calea pentru prima asezare semnificativ. Ca albii sa mutat în regiune, a fost în creștere ostilitate între ele și indienii, care au fost forțați din motive de vânătoare tradiționale. Pentru a proteja coloniști, guvernul federal a stabilit o serie de forturi.
În 1856 Dakota Land Compania a fost înființată de către speculatori teren, care a sperat sa creeze un nou teritoriu din terenurile agricole bogate din vestul Minnesota Territory. Așezări au fost demarate la Medary, Flandreau, și Sioux Falls, pe râul Big Sioux. În 1857, când Minnesota a început pregătirea pentru statalitate, zona dintre râurile Big Sioux și Missouri (acum jumătatea de est din Dakota de Sud) a fost desemnat pentru a deveni teritoriu neorganizat. Așezări sări rapid la Yankton și Vermillion, pe Missouri.
Cele mai multe dintre coloniști au fost alungați de către Sioux, dar în 1858 Yankton Sioux semnat un tratat. Ei cedat toate teritoriile lor între Big Sioux și Missouri în Statele Unite, cu excepția 400.000 de acri (162.000 hectare). În cazul în care Senatul a ratificat tratatul în 1859, câteva sute de coloniști sa mutat în regiunea nou deschis.
Coloniștii configurați rapid propriul guvern și cerut Congresului de a stabili un nou teritoriu. Congresul a adoptat un proiect de lege crearea Dakota Territory, și președintele Buchanan a semnat pe 2 martie, 1861. Teritoriul a inclus toate prezente de Nord si Dakota de Sud și părți din Montana și Wyoming. Yankton a fost facut capitala teritorială. Montana a fost făcută pe un teritoriu separat în 1864, Wyoming în 1868.
Gold Rush și necazuri indiene
În timpul de decontare a noului teritoriul 1860 a fost lent, ca Războiul Civil și frica de indieni descurajat imigrației. O revoltă Sioux care a început în Minnesota în 1862 răspândit în Dakota, provocând abandonarea temporară a majoritatea oraselor. Probleme ulterioare cu Sioux a condus la Tratatul Laramie din 1868, prin care întreaga jumătate de vest a prezentei Dakota de Sud a fost dat Sioux ca o rezervare. Zona a fost închisă la toate albi.
In 1874, ca răspuns la agitație de albi care au dorit pentru a deschide zona de decontare, locotenent-colonelul George A. Custer a fost obligată să conducă o expediție militară pentru a explora B
