Guvernul Panama a fost relativ stabil, deși s-au depus în președinți 1931, 1941, și 1951. colonelul José Remón, șeful poliției, care a confiscat Guvernului în anul 1951, a fost ales președinte în 1952. În 1955 a fost asasinat. Anti-Statele Unite ale Americii sentiment a dus la revolte în 1959. În 1964, protestatarii au protestat zborul de Statele Unite ale Americii steaguri invadat Zona Canal. Trupele Statele Unite au fost folosite pentru a ajuta la restabilirea ordinii în zona. Panama a cerut revizuirea completă a tratatelor între cele două țări. Negocierile, cu toate acestea, au fost neconcludente.
În luna octombrie 1968, colonelul (mai târziu General) Omar Torrijos răsturnat guvernul într-o lovitură de stat militară. În 1972 o adunare reprezentativa nou ales a adoptat o constituție care a recunoscut Torrijos ca șef al guvernului și ia acordat puteri dictatoriale. El a negociat un tratat cu Statele Unite ale Americii, semnat în 1977, care prevede transferul Zona Canalului Panama în 1979 și canalul în 1999. În 1978 el a demisionat în mod oficial ca șef al guvernului, dar păstrat controlul efectiv. Torrijos a fost ucis într-un accident de elicopter în 1981, dar armata a ramas la putere.
În 1983 General Manuel Antonio Noriega a preluat comanda Forțelor de Apărare Panama (PDF) și de control ale țării. În ciuda alegerea unui președinte civil în 1984, Noriega păstrat puterea. În 1988 juriile federale mari din Statele Unite pus sub acuzare în baza acuzațiilor Noriega decurg din implicarea Panama în importul ilegal de droguri în Statele Unite ale Americii. Când Guillermo Endara, candidatul opoziției, a câștigat alegerile prezidențiale la începutul anului 1989, Noriega anulat alegerile și violența pe scară largă a izbucnit. În octombrie, o tentativă de lovitură de stat împotriva Noriega a eșuat.
Între timp, tensiunile cu Statele Unite a crescut. După un soldat Panama ucis un ofițer american Marine într-o altercație, Statele Unite au trimis trupe combatante în Panama în decembrie, 1989. Rezistența de PDF a fost pus rapid în jos. Noriega a fost arestat și extrădat în Statele Unite, în ianuarie 1990, și, eventual, a fost condamnat în baza acuzațiilor de droguri și închis. Ca președintele ales, Endara preluat mandatul în primul presedinte femeie 1990. Panama, Mireya Moscoso, a fost ales în anul 1999.
