În 2002, mai mult de 190 de persoane au fost ucise atunci când o bombă a explodat în terorist a fost Bali.
În iulie și septembrie 2004, Indonezia a avut loc primele alegeri prezidențiale directe. Nici un candidat nu a primit o majoritate de voturi în primul tur de scrutin. După un al doilea tur, Pensionar General Susilo Bambang Yudhoyono a câștigat alegerile, învingându-Megawati.
Un tsunami majore cauzate de un cutremur submarin off Sumatra de Nord a ucis mai mult de 100.000 de locuitori ai insulei, în decembrie, 2004. Dupa tsunami , relațiile dintre forțele guvernamentale și rebeli indoneziene în căutare de independență a început pentru a calma în regiunea Aceh. În august 2005, cele două grupuri au semnat un acord de pace. Aceh a fost acordat o mai mare autonomie (auto-guvernare) de către Parlament în iulie, 2006. Alegerile au avut loc în regiune în luna decembrie a aceluiași an.
În 2006, catastrofele naturale au ucis un număr de oameni din Indonezia. Mai mult de 5.800 de oameni au murit pe insula Java, atunci când un cutremur major a lovit în luna mai. În luna iulie, peste 600 de oameni au fost uciși după ce un tsunami sa prăbușit în Java. În 2009, Yudhoyono a fost reales.
