În 1965 armata dejucat o tentativă de comuniști pentru a prelua controlul guvernului. Se estimeaza ca aproximativ 300.000 de comuniști și dizidenți au fost masacrați în represalii militare. În 1966 Sukarno, acuzat de mulți lideri indoneziene de a fi în legătură cu tentativa de lovitura de stat, a fost scos de sub controlul efectiv al guvernului de generalul Suharto și armata. Sukarno a rămas un președinte marionetă până fortat sa se retraga in 1967. Suharto a asumat președinția. Sub conducerea sa, inflația a fost verificat și a stabilității financiare a fost atins. Sa ajuns la un acord de pace cu Malaezia în 1966, și Indonezia a reluat sediul ONU târziu în acel an. În 1971 țara a avut loc primele alegeri parlamentare în 16 de ani. În 1973 a fost reales președinte Suharto.
trupele indoneziene au intrat fosta colonie Portugual de Timorul de Est în 1975, pentru a preveni rebelii-caută să obțină independență controlul asupra teritoriului. Trupele ucis unele treizeci la sută din populația Timorul de Est între 1975 și 1976, când au anexat țara. Ciocniri între rebeli și forțele indoneziene continuat pe tot parcursul anilor 1980 și '90. În 1999, Timorul de Est a aprobat un referendum pentru independență. Aproximativ 2.000 de persoane au fost ucise de către milițiile indoneziene după votul. Indonezia a retras forțele de trei luni mai târziu.
Între timp, Suharto a petrecut anii 1970 și '80 modernizarea economiei în timp ce de instituire a unui regim dictatorial represiv. Prin 1990 Indonezia a avut una dintre economiile cu cea mai rapidă creștere din lume,. Poziții de putere s-au umplut de prietenii lui Suharto și membrii familiei, dintre care mulți au devenit foarte bogat. În cazul în care economia a căzut în recesiune profundă în 1997 și 1998, proteste masive de stradă perturbat Jakarta și alte câteva orașe. Suharto a fost acuzat de furtul aproape 600 milioane $ din partea statului și forțat să demisioneze. El a fost înlocuit de vicepreședintele BJ Habibie.
În 1999, un aflux de imigranți musulmani la insulele Moluccan (sau insulele cu mirodenii) în estul Indonezia a condus la lupta dintre musulmani și creștini în care mai mult de 5.000 de persoane au fost ucise .
La sfârșitul anului 1999, Abdurrahman Wahid a devenit primul președinte al țării ale
