A doua metodă de clasificare se bazează pe alte caracteristici , cum ar fi dimensiunea, culoarea, și compoziția chimică. O versiune prescurtată și simplificată a acestui sistem urmează.
Ordine Actinomycetals,
ramificare, bacterii filamentoase, care au de creștere ciuperca ca. Ele sunt importante în fertilizarea solului și ca o sursă de antibiotice.
Ordine Beggiatoales,
bacterii filamentoase care se misca de-a lungul unei suprafețe într-o mișcare târâtor sau alunecare. Ei folosesc fotosinteza pentru fabricarea produselor alimentare. Mulți oxida compusi cu sulf.
Ordine Chlamydobacteriales,
bacterii mina într-un înveliș de protecție numit un înveliș. Ele cresc în grupuri-alge ca și de a folosi compuși de fier pentru creșterea.
Ordine Eubacteriales,
bacterii celule rigid, care sunt în formă de tijă sau în formă de coccus. Cele mai multe sunt imobil.
Ordine Hyphomicrobiales,
bacterii-celule rigid care reproduc prin înmugurire.
Ordine Myxobacteriales,
bacterii flexibile, sub formă de bară. Ei elimina noroi și unele produc apendice care sunt vizibile cu ochiul liber.
Ordine Rickettsiales,
mici, sub formă de tijă sau bacterii în formă de coc, care sunt paraziti interni la om si alte animale. Cele mai multe sunt patogene.
Ordine Spirochaetales,
spirochete-lungi, subțiri, bacterii în formă de spirală. Cele mai multe sunt patogene.
Majoritatea oamenilor de stiinta clasifica bacterii în phylum Schizophyta a regatului Monera.