La Stanford, Shockley mutat accentul său de la cercetare electronice să se concentreze pe studiul inteligenței umane. Deși el nu a avut nici de fundal sau educație formală fie în biologic sau științele sociale, Shockley a încercat să desfășura activități de cercetare în genetica. Genetica este studiul științific al eredității, trecerea pe caracteristicilor organismelor vii de la o generație la alta. Folosind datele de la testele de IQ administrate soldaților de către Armata Statelor Unite, Shockley dezvoltat o teorie despre relația dintre inteligență și rasă. IQ (coeficient de inteligență de) teste utiliza numere pentru a indica nivelul de o persoană de inteligență, comparativ cu alte persoane.
În teoria sa, pe care el a numit disgenice, Shock-Ley a susținut că negrii au fost inferioare genetic pentru a albi și că, în oameni de rasă mixtă, nivelurile de inteligență crește proporțional cu cantitatea de "albe", în stramosi unei persoane. Într-o prelegere în fața Academiei Nationale de Stiinte, Shockley a declarat că Statele Unite au avut o "problemă negru." El a susținut că "negrii" au fost de reproducere in numar mai mare decat "caucazieni" și reducând astfel inteligența medie a populației americane. El a fost criticat aspru de multi alti oameni de stiinta pentru astfel de puncte de vedere.
Shockley totuși a continuat să avanseze teoria disgenice. A publicat articole despre ideile sale, inclusiv o sugestie ca persoanele cu un nivel scăzut de IQ fi plătite să se supună sterilizării voluntare, astfel încât acestea nu ar reproduce. De asemenea, el a donat mostre de sperma lui să fie utilizate pentru inseminare artificială. La discursurile sale, de multe ori Shockley a fost întreruptă de protestatari.
În 1982, a intrat Shockley primar republican pentru un loc în Senatul SUA. Platforma sa de campanie axat pe teoria lui de disgenice. El a pierdut alegerile, terminând pe locul al optulea.
Shockley a murit de cancer de prostata la douăsprezece august 1989, în Palo Alto. În ianuarie 2000, el a fost numit la Hall Consumer Electronics Association of Fame ca un pionier în domeniu.
