În 1937, Lorenz a fost numit lector de anatomie comparată și psihologie animală la Universitatea din Viena. Trei ani mai târziu, el a părăsit Austria pentru a deveni profesor de psihologie la Universitatea din Konigsberg în Prusia de Est (în prezent Kaliningrad în Uniunea Sovietică). Al doilea război mondial (1939-1945) a întrerupt în curând cariera academică. El a intrat în armata germană și a servit pe frontul de est ca un doctor. În iunie 1944 soldați ruși l-au luat prizonier, și-a petrecut aproape patru ani în lagărele.
El a reluat studiile la Altenberg după război, cu o bursă mică de Societatea Max Planck pentru progresul stiintei. 1,949 cartea sa, publicat în limba engleză ca Ring regelui Solomon: o noua lumina asupra moduri de animale (1952) a devenit un succes international si a introdus concepte de etologie la mulți cititori. De asemenea, el a scris popular Omul întâlnește Dog (1955), în care a explorat relația dintre oameni și animale de companie. În cartea sa controversată Pe agresiune (germană, 1963; engleză, 19661, el definit agresiunea ca un comportament indreptate spre membri ai speciei propriile și a susținut că agresiunea este înnăscută la om, precum și animalele
În 1951, Lorenz. a devenit șef al unei stații de cercetare de la Institutul Max Planck de Biologie Marină din ceea ce este acum Westfalia, Germania. La mijlocul 1950, el și alți doi oameni de stiinta a stabilit Institutul pentru Behavioral Fiziologie în Seewiesen, Bavaria, langa München. Lorenz a devenit sale administrator unic, după 1961. În 1973 a devenit director Lorenz al Institutului de comparativa Etologie al Academiei de Științe din Austria în 1973.