Atunci când un student post-doctoral, Margot O'Toole, nu a putut să reproducă Imanishi Rezultatele -Kari lui, O'Toole a început să suspecteze că Imanishi-Kari a falsificat date. O'Toole notificat în prealabil autoritățile de la MIT. Două panouri de revizuire universitar și National Institutes of Health a analizat problema, dar nu a găsit nici o dovadă de comportament lipsit de etică din partea Imanishi-Kari lui. Reprezentant John Dingell din Michigan convins National Institutes of Health de a redeschide ancheta sa și a inițiat o audiere Congresului. Dingell a criticat manipularea Baltimore a situației, crede omul de știință nu ar fi luat în serios acuzațiile suficient. Dingell a cerut Oficiului de științific de Integritate (care mai târziu a fost desființat și înlocuit cu Oficiul de cercetare de Integritate, ORI) să examineze cazul. În 1994, ORI a constatat Imanishi-Kari vinovat de 19 capete de acuzare de abateri științifice și a recomandat ca ea să fie excluse de la primirea orice fonduri federale de 10 ani.
După ce hotărârea 1994, Imanishi-Kari apel cazul ei la cercetare adjudecări integritate panel al Departamentului de Sanatate si Servicii Umane. În 1995, grupul a petrecut șase săptămâni citind peste 6.000 de pagini de mărturii și revizuirea 70 notebook-uri. În plus, pentru prima dată, Imanishi-Kari a fost lăsat să cross-examina acuzatorii ei. După examinarea tuturor probelor, comisia a constatat că Imanishi-Kari a făcut greșeli, dar nu a fost vinovat de abateri. Hotărârea justificat Imanishi-Kari și Baltimore.
În termen de un an de la verdictul, averi Baltimore sa îmbunătățit. El a acceptat funcția de președinte al Institutului de Tehnologie din California din Pasadena și ca președinte al unui comitet consultativ vaccin SIDA la National Institutes of Health.
De-a lungul carierei sale, el a publicat mai mult de 530 de lucrari evaluate de colegi . O mare parte din cercetările sale în anii 1980 a fost în zona de imunologie si vaccinuri sintetice. În 1974, el a dev