În 1945, el a devenit director al Biroului Național de Standarde și a lucrat ca un consilier stiinta de a Comitetului Special Senatului pe Energiei Atomice, prezidat de senatorul Brian McMahon. În 1946, proiectul de lege McMahon-Douglas a stabilit civil Comisia a Energiei Atomice, în parte ca rezultat al muncii lui Condon.
Din 1951-1954, a lucrat pentru Corning Glass Works din Corning, New York, unde a dezvoltat aplicații ale fizicii solid-state. În 1956, el a devenit profesor si presedinte de fizica la Universitatea Washington din St Louis, Missouri. În 1963, el a lucrat la Institutul de Astrofizica de laborator comun de la Universitatea din Colorado. În 1966, el a condus un proiect de Air Force Biroul SUA de Cercetare Stiintifica la obiecte zburatoare neidentificate. Lucrarea Sa dus la Raportul Fuller din 1969, care a constatat o lipsa de dovezi de exit-ence de OZN-uri. Condon retras în 1970.
