În 1928, s-au alăturat Condon Universitatea Columbia ca lector in fizica. Mai târziu în același an, el a devenit profesor asistent de fizica la Universitatea Princeton. În anul următor a predat fizica la Universitatea din Minnesota. El a revenit la Columbia în 1930, unde a rămas până 1937.
Condon dezvoltat cele mai multe dintre contributiile sale originale la dezvoltarea fizicii teoretice în timp ce de la Princeton. Interpretarea lui de mare de energie împrăștiere proton-proton clarificat forța tare nuclear, care a furnizat baza pentru teoria nucleare moderne și a influențat dramatic dezvoltarea cercetării în domeniul energiei atomice. De asemenea, el a adus contribuții în spectroscopie de masă de molecule și în înțelegerea baza mecanice cuantice a vibrațiilor moleculare măsurată prin spectroscopie în infraroșu și rotația luminii de molecule.
În 1937, sa mutat la Pittsburgh Condon să se alăture Westinghouse Electric și Manufacturing Corporation ca director asociat al de cercetare. El a ajutat conduce compania în era nucleară, prin îmbunătățirea și concentrarea programelor de cercetare nucleară de bază. La începutul anilor 1940, el a fost un consultant pentru a Comitetului Național de Apărare Cercetare și a ajutat la dezvoltarea sistemelor radar de bord pentru utilizare în război mondial (1939-1945). De asemenea, el a ajutat la găsit Laboratorul de radiatii de la Massachusetts Institute of Technology (MIT). De asemenea, în începutul anilor 1940, Robert Oppenheimer numit Condon director asociat de atunci secrete laborator Los Alamos, unde a aplicat munca sa la spectroscopie de masă la separarea izotopilor de uraniu pentru arme atomice. Din 1943-1945, a lucrat la Laboratorul de radiatii de la Berkeley pe spectrometrice separări de izotopi de uraniu de masă pentru bomba atomică. După război, a început să Condon scris si vorbit într-un efort de a educa publicul cu privire la deciziile de po
