În 1963 colonelul Enrique Peralta Azúrdia a condus o revoltă de succes. El a guvernat prin decret, dar a promis să organizeze alegeri dupa a fost adoptată o nouă Constituție. Constituția a intrat în vigoare în 1965 și un guvern civil a fost ales. Acesta a încercat reformele economice și sociale, dar programele sale au fost blocate de rezistență de la oameni de afaceri conservatoare și proprietarii de terenuri bogate. În anii 1970 și începutul anilor 1980, reforma a fost amânată în continuare de o serie de guverne militare care au fost aleși conservatoare în mijlocul acuzații adversarilor de fraudă electorală.
În 1986 o nouă constituție a intrat în vigoare și de guvern civil a fost restaurat. Cu toate acestea, corupția guvernamentală și încălcări ale drepturilor omului au rămas probleme în anii 1990. În 1994, guvernul și gherilele comuniste a semnat un acord cu privire la consolidarea drepturilor omului. În 1996, guvernul și gherilele au semnat un acord de pace, care se încheie războiul civil de 35 de ani. Uraganul Mitch a provocat daune pe scară largă în țară în 1998.