În ciuda unui acord de opuse grupuri din războiul de a respecta un plan de pace semnat de cinci județe din America Centrală în 1987, a continuat războiul civil. Alfredo Cristiani, a partidului Arena, a fost ales președinte în 1989. În 1991 a fost semnat un acord de încetare a focului. Războiul civil sa încheiat oficial în 1992 în cadrul unui plan de în care forțele de gherilă au fost de acord să desființeze, în schimbul pentru un program de reforme politice și economice ale guvernului. În 1994, în prima alegere de după război, Armando Calderon Sol, al partidului Arena, a fost ales președinte. În 1998 uraganul Mitch a provocat daune pe scară largă în țară.
La inceputul anului 2001, cutremure din El Salvador a ucis aproximativ 1.200 de oameni și a lăsat mai mult de 1 milion de persoane fără adăpost. În 2004, Elias Antonio (Tony) Saca a fost ales președinte. De asemenea, în anul 2004, El Salvador a ratificat Acordul de liber schimb Republica Dominicană-America Centrală-Statele Unite (CAFTA-DR). Această intenție a acordului a fost de a reduce barierele comerciale dintre țările participante. Acesta a intrat în vigoare în 2006.
În martie 2009, salvadorieni ales Mauricio Funes a stânga Farabundo Marti Frontul de Eliberare Națională (FMLN) Președintele. Funes a preluat mandatul în luna iunie. Conservator republican Alianța Nationalist (ARENA) a fost la putere timp de aproape 20 de ani.