În 1998, Statele Unite au lansat atacuri aeriene împotriva tabere teroriste limitate în Afganistan, în represalii pentru atacurile de două Ambasade americane din Africa. Bombardamentele au fost organizate cu ajutorul lui Osama bin Laden, un exil Arabia adapostit de talibani. Bin Laden a fost, de asemenea, liderul Al Qaeda, o rețea teroristă islamică.
Până la sfârșitul anului 2000, talibanii controlate mai mult de 90 la suta din țară, dar grupuri spre deosebire de talibani, cum ar fi de Nord alianță, a avut cetăți din nord. Lupta a continuat înrăutățit efectelor secetei severe și foamete.
In septembrie 2001, guvernul Statelor Unite a solicitat talibanilor renunța Osama bin Laden, care a fost suspectat de organizarea atacurilor teroriste de la 11 septembrie 2001, față de Statele Unite. Aceste atacuri au inclus deturnarea de patru aeronave, dintre care două au fost zburat în turnurile gemene ale World Trade Center din New York City, provocând prăbușirea lor. Talibanii au refuzat cererile din Statele Unite. În octombrie, Statele Unite și aliații săi, inclusiv Alianța Nord, a început o campanie militară susținută împotriva talibanilor și Al Qaeda împotriva forțelor din Afganistan.
Până la sfârșitul lunii noiembrie 2001, talibanii au fost eliminate din putere și înlocuit cu un guvern interimar, condus de Hamid Karzai. Guvernul a fost acuzat de, printre altele, menținerea păcii și securității în Afganistan până unui consiliu național ar putea fi ales și alegeri democratice ar putea avea loc. În alegerile naționale a avut loc în 2004, după adoptarea unei noi constitutii pentru tara, Karzai a fost ales președinte. În ciuda progreselor cu formarea noului guvern, ciocniri între rivali regionale și etnice au continuat în întreaga țară, contribuind la instabilitatea acesteia. Sprijin crucial pentru noul guvern era asigurat de către Națiunile Unite.
În august 2009, a avut loc o Afganistan alegeri prezidențiale și Karzai au primit cele mai multe voturi. Cu toate acestea, s-au găsit multe nereguli de vot, ceea ce duce la o alegere doilea tur fiind programată. Înainte de alegeri, adversarul lui Karzai și-a retras.
