În cele din urmă, asigurați-vă că pentru a observa unele măsuri de precauție de siguranță atunci când funcționează instrumentul. În procesul de scanare specimene, SEM genera niveluri mici de radiație în formă de raze X ca electronii de sub suprafața unui eșantion ar fi dislocate și înlocuite cu alte electroni. În timp ce razele X sunt în mod inerent periculoase pentru om, nu ar trebui să fie prea îngrijorat de operare un SEM. Cele mai multe dintre instrumentele au o cameră de specimen extrem de izolat, conceput pentru a nu se lăsa interferențe electrice și magnetice, astfel încât orice raze X generata in procesul de mărire nu ar trebui să reprezinte o amenințare la adresa operatorului. Totuși, cercetătorii trebuie să vă asigurați să respecte toate măsurile de precauție de siguranță în ceea ce privește funcționarea SEM la institutia lor.
Mărire, accentul, contrastul și luminozitatea unei imagini sunt toate la îndemâna operatorului de SEM. În timp ce unele modele au dedicat hardware-ului pentru aceste setări, integrarea mai recentă a controalelor computerizate a redus atât costul de SEM și simplificate funcționarea lor.