Unele dintre piesele menționate mai sus nu sunt prezentate în diagrama și variază între microscoape. Microscoape vin in doua configuratii de baza: în poziție verticală și inversată. Microscopul se arată în diagrama este un microscop verticală, care are sistemul de iluminare sub scenă și sistemul de lentile de deasupra scenei. Un microscop inversat are sistemul de iluminare deasupra scenei și sistemul de lentile de mai jos etapa. Microscoape inversate sunt mai bune pentru căutarea prin exemplare groase, cum ar fi vase de celule de cultura, deoarece lentilele pot ajunge mai aproape de partea de jos a vasului, în cazul în care celulele cresc.
Microscoape de luminare poate dezvălui structurile celulelor vii și țesuturi, precum și a probelor nebiologice cum ar fi pietre și semiconductori. Microscoape pot fi simple sau complexe in design, iar unele pot face mai mult de un tip de microscopie, fiecare dintre care dezvăluie informații ușor diferite. Microscopul de lumină a avansat foarte mult cunostintele noastre biomedicale și continuă să fie un instrument puternic pentru oamenii de stiinta.