Este celule stem embrionare care cauzeaza controverse. Scoaterea celulele stem presupune distrugerea embrionului, pe care unii oameni asemăna cu distrugerea unei ființe umane. Problema se reduce la întrebarea când începe viața: Cei care cred că viața începe în momentul conceperii cred că recoltarea de celule stem embrionare este înrudită cu crima. Unii critici de acest punct de vedere au susținut că aceste embrioni au fost marcate pentru distrugere și apoi donate de către proprietarii lor, ceea ce înseamnă că aceste embrioni nu ar fi ajuns la termen oricum, dar altele prevăd că această scuză ar putea duce la mai mult etic discutabil acțiuni în viitor, cum ar fi embrioni de recoltare special pentru cercetare.
In ultimii ani, cercetatorii au incercat sa gaseasca modalitati de a obtine celule stem embrionare, fara a distruge embrioni. O metodă de a obține celule stem de la embrioni de șoareci a dovedit de succes. Cercetatorii sunt, de asemenea, experimenteaza cu celule stem adulte reprogramarea să acționeze mai mult ca celulele stem embrionare. Aceste celule, cunoscut sub numele de induse stem pluripotente, celule detin promit, dar oamenii de stiinta ar place în continuare posibilitatea de a continua activitatea cu celulele stem embrionare.