Mulți oameni de știință au respins ideile Boltmann lui. La o reuniune stiintifica 1,895 în orașul german port de Lübeck, o dezbatere aprinsă a avut loc între Boltzmann și Wilhelm Ostwald. Afirmând că Boltzmann a greșit când a spus că totul ar putea fi explicat prin ecuații adecvate, Ostwald a spus: "ireversibilitatea reală a fenomenelor naturale se dovedește, astfel, existența unor procese care nu pot fi descrise de ecuații mecanice, și cu acest verdictul pe materialismul științific este stabilit. "Boltzmann și susținătorii săi contracarat cu o opoziție puternică și vocal. Un martor ocular tineresc la dezbatere, fizician Arnold Sommerfeld, comparativ argumentul a urmat la "bătălia de taur [Boltzmann] cu luptător suplu [Ostwald]." Potrivit lui Sommerfeld, argumentele lui Boltzmann au fost convingătoare, iar tinerii matematicieni din prezență față cu Boltzmann.
Ostwald a continuat, cu toate acestea, ca purtător de cuvânt al acelor oameni de știință europeni care nu au reușit să înțeleagă pe deplin baza statistică pentru ideile lui Boltzmann. În ciuda faptului că Ernst Mach nu se inteleg bine cu Boltzmann, el a simțit tonul dezbaterilor științifice a fost prea încălzit și a încercat să împace cele două școli de gândire.
În 1904, Boltzmann a călătorit în Statele Unite , unde a predat cursuri de Matematică Aplicată la Targul St Louis lume. El a continuat să California, unde a vizitat Universitatea Stanford si la Universitatea din California, la Berkeley. În timpul acestei vizite. Boltzmann a aflat despre noile descoperiri privind radiațiile care ar valida teoriile sale în scurt timp. La întoarcerea sa în Austria, el a continuat să-și apere credința lui în structura atomica.
În ciuda rebuttals lui viguroase, cu toate acestea, mulți oameni de știință au continuat să conteste teoriile sale, iar el îngrijorat de faptul că lucrarea vieții lui a fost pe punctul de colaps . În 1906, suferă de o boală și depresie
