În 1935, Cockcroft a fost numit director al Mond laborator Royal Society în Cambridge. Cu puțin timp înainte de debutul al doilea război mondial (1939-1945), a fost numit profesor de filozofie naturală jacksoniană la Cambridge. După începerea războiului, el a acceptat o poziție cu Ministerul de aprovizionare. La sfârșitul anului 1940, el a devenit administrator șef al apărare aeriană de cercetare și dezvoltare de personal. În timpul războiului, Cockcroft supravegheat dezvoltarea radar unde scurte, care a jucat un rol important în apărarea de aer de succes din Anglia împotriva Germaniei. Cockcroft părăsit Anglia pentru Montreal, Canada, în 1944, pentru a supraveghea divizia de Energie Atomică a Consiliului țării National de Cercetare și râul Laboratorul Creta, unde a condus un grup ale cărui eforturi au contribuit la Proiectul Manhattan, un program de secret de Statele Unite ale Americii pentru a dezvolta bombe atomice.
Atunci când războiul sa încheiat în 1945, sa întors în Anglia pentru a servi ca director al Research Establishment a Energiei Atomice la Harwell. Cockcroft a luat un rol de lider în elaborarea politicii Angliei energie nucleară. El credea că energia nucleară ar putea fi o sursă de energie electrică ieftină și am văzut că viziunea realizat în 1950 la începutul, atunci când a început construcția la prima centrală nucleară din lume, la Calder Hall din nordul Angliei, în 1954, Cockcroft a devenit membru al nou-create Autoritatea pentru Energie Atomică (AEA). Cinci ani mai târziu, el a devenit primul maestru de Churchill College din Cambridge University, în timp ce continuă pentru a servi ca un membru part-time din AEA. 
[1] [2]