Werner ce al doilea copil, și singurul fiu, născut lui Avraam David și Regina (Holstein) Werner. Tatăl lui Werner ce să inspector la Ducele de Ironworks Solm lui. Înainte de a intra scoala la varsta de 9 ani, Werner ce a predat la domiciliu de către tatăl său și un profesor particular. În 1764, mama Werner a murit și tatăl său aranjat o poziție de redactare la uzinele metalurgice. Cinci ani mai târziu, Werner intrat în Școala Freiberg minelor cu intenția de a pregăti pentru un loc de muncă în management la Ironworks. Toate acestea, el a schimbat cursul său și a decis să studieze dreptul pentru o carieră în serviciul minerit saxon. În 1771, sa transferat la Universitatea din Leipzig, unde a luat INITIALLY cursuri de drept. Totuși, după primele doi ani, el a devenit tot mai interesați de studiul istoriei limbilor. Deci, El a început să studieze mineralogie, un subiect a făcut tatăl său a încurajat, deoarece el a fost un băiat. Werner a plecat la Leipzig în 1774, fără a câștiga un grad.
După publicarea primei cărți Werner pe mineralogie în 1774, un fost profesor de lui Werner îl recomandă pentru un post de profesor de Mine și curator al colecției minerale de la Freiberg Scoala de Mine. Werner a început de locuri de muncă în 1775 și a rămas acolo până la moartea sa în 1817. De-a lungul carierei sale, Werner a continuat să-și revizuiască sistem de clasificare lui minerale, cu revizuirile publicate în 1789, 1816 și 1817. În cea mai veche versiune se ocupă cu 183 de specii, în timp ce în ultima el acoperă 317. Prima jumătate a anilor 1800 a văzut mai multe traduceri în limba engleză a cărților sale publicate.
Werner a fost un om de stiinta foarte apreciat care a avut o mare influență în întreaga Europă. El aparținea unui număr de organizații, inclusiv Societatea Geologică din Londra, Institutul National si Institutul imperial al Franței, Societatea Imperial de Fizică și Medicină de la Moscova, Academia Regală prusac de Științe, și Societatea Wernerian de Edinburgh.
Când a murit, Werner stânga de bunuri de a Freiberg, școala unde a învățat pentru viața întregii sale de adult.