În 1988, Watson a devenit director adjunct, iar un an mai târziu director, de la Centrul Național pentru Proiectul genomului uman a National Institutes of Health (NIH ). În timp ce supravegherea proiectului, el alocat o mică parte din fondurile pentru a studia probleme etice rezultate din concluziile proiectului. De-a lungul mandatului său, Watson a avut o serie de dezacorduri politice cu NIH si, in 1992, el a demisionat.
În plus față de premiul Nobel, Watson a primit numeroase premii, inclusiv Premiul Warren de Massachusetts General Hospital John Collins 1959; Eli Lilly Award în Biochemistry, 1960; Premiul Lasker de Public Health Association American, 1960; Medalia de Aur John J. Carty al Academiei Nationale de Stiinte din 1971; și Medalia Prezidentiala a Libertatii, 1977. El a fost un membru al Academiei Americane de Arte si Stiinte din 1958 și al Academiei Nationale de Stiinte din 1962.