În timpul administrației președintelui George W. Bush, APE sa confruntat cu critici cu privire la angajamentul său de a aplicarea legilor de mediu și urmărirea poluatori penale. Procese împotriva agenției, anchete ale Congresului, o scădere generală a convingerilor și mai multe demisii de profil înalt de către angajați frustrați EPA au critici sugerând că APE nu mai desfășoară în mod corespunzător datoria.
Chiar Curtea Supremă confirmă faptul că EPA a eschivat unele dintre responsabilitățile sale. În aprilie 2007, Curtea de partea ecologiștilor din Massachusetts și colab. Agenția pentru Protecția Mediului v Cazul a inceput in 1999, cand mai multe grupuri de mediu a încurajat APE de a stabili standarde pentru emisiile de GES vehicule noi. Patru ani dupa ce a primit petiția, EPA a răspuns că nu avea autoritatea de a reglementa astfel de emisii și, chiar dacă a făcut-o, a considerat că este înțelept să facă acest lucru [Sursa: Curtea Supremă]. Massachusetts s-au alăturat cu alte state, orașe și grupuri să dea în judecată APE. Curtea Supremă a decis că APE are autoritatea de a reglementa emisiile de GES în cadrul Clean Air Act și a provocat starea de Massachusetts rău de a face acest lucru nu . Decizia ar putea da de state care luptă pentru reglementările de GES nou putere asupra agenției. California, care a propus reglementări mai stricte in decembrie 2005, este acum dat in judecata EPA pentru incapacitatea de a face o hotărâre. Statul este autorizat să creeze propriile sale regulamente de poluare a aerului, dar are nevoie de aprobarea EPA înainte de a face astfel EPA a atras de asemenea atenția pentru declinul bruscă în noi anchete, urmăriri și condamnări -. Toate acestea a scăzut cu o a treia între 2002 și 2006. procese civile împotriva inculpaților care au respins oferte de înțelegere în afara tribunalului a scăzut aproape 70 la sută [Sursa: Washington Post]. Administrarea APE insistă că numerele sunt în jos, deoarece agentia a mutat accentul de la cazurile mai mari cu condamnări probabile. În iunie 2007, fostul administrator APE Christie Todd Whitman sa confruntat cu o audiere Congresului peste răspuns de mediu a guvernului la Sept . 11 atacuri teroriste. În
. et al. Într-o decizie 5-4, instanța a decis că APE a fost responsabil pentru reglementarea gaze cu efect de nou-vehicul (GHG) sub Clean Air Act. Acesta a fost primul caz Curtea Supremă pentru a investiga încălzirea globală.
