În 1916 Pershing a fost ordonat să conducă o expediție punitivă în Mexic, pentru a "urmări și se dispersează" banda de Villa, care a percheziționat Columbus, New Mexico. În timpul unei campanii de 10 luni trupele Pershing a avut ciocniri cu trupele federale Venustiano Carranza, dar a evitat să se implice în război. Villa nu a fost prins, dar trupa lui a fost niciodată o amenințare.
AEF Comandantul
Numit în comanda A.E.F. în primul război mondial, Pershing ajuns în Franța la 13 iunie, 1917. El a fost dat gradul de general, Armata Națională, o intalnire temporar. Pershing a insistat pe crearea unei armate americane separat, în ciuda presiunii constante de britanici și francezi să includă trupele sale în propriile unități ca înlocuitori. Cu toate acestea, în cazul în care atacul german din martie 1918, a rupt prin linii aliate, se întoarse pe forța complet la mareșalul Ferdinand Foch, comandantul suprem Allied. Pershing planificat atacul de la Marna în luna iulie. 1st Armata SUA a fost organizat pentru ofensiva St. Mihiel în septembrie. Ofensiva Meuse-Argonne, efectuate la cererea Foch, apărare germane supărat la cel mai sensibil punct.
Târziu ani
Pershing a fost șef al Statului Major al armatei, 1921-1924, apoi sa retras din serviciul activ. El a fost numit de către președintele Coolidge în calitate de președinte al unei comisii care să arbitreze disputa Tacna-Arica între Peru și Chile. Pershing, de asemenea, a fost președinte al luptelor Monumentelor Comisia american. El a scris experiențele mele în război mondial (1931), care a primit un premiu Pulitzer pentru istorie.