Și după
La izbucnirea Civil război, a fost comandat un Frmont general maior de voluntari și de comandă al Departamentului de Vest dat, cu sediul in St. Louis, Missouri. El a fost eliminat de către președintele Lincoln după ce a ordonat, fără autorizație, eliberarea sclavilor din Missouri, un stat de frontieră care nu-au despartit, dar în cazul în care tensiunile au fost ridicate. În 1862 el a fost dat o poruncă de mai mică importanță în vestul Virginia, dar s-au dovedit ineficiente în a se opune campanie Shenandoah Confederației lui. El sa retras din comisie la scurt timp după.
Radical Republicanii nominalizat Frmont pentru președinte în 1864, dar sa retras. După Războiul Civil, Frmont pierdut averea printr-un risc de cale ferată fără succes. Președintele Hayes la salvat de la sărăcie prin numirea lui guvernator al Arizona Territory, un post pe care a avut loc în timpul 187883. doamna Frmont ajutat cu finanțele prin scrierea de articole pentru diverse publicații. Chiar înainte de a murit Frmont, președintele Harrison îl readuse la armata ca un maior în rezervă cu generală plată.