Certurile dintre guvernatori și misionari franciscani peste politica de dezvoltare indian împiedicată. In 1680 un medicament om Pueblo numit Papa a condus poporul său în revoltă, ucidere 400 coloniști și de conducere restul înapoi la El Paso. Nu a fost până 1692-1696 care Don Diego de Vargas a recucerit New Mexico.
raiduri spaniole pentru sclavi provocat apașilor la ostilitate continuă. De 1,706 Comanches început raiduri în New Mexico. O invazie francez din Louisiana a fost zvonuri în 1720. Pedro de Villasur condus o expediție pentru a întâlni și a fost o ambuscadă de către Pawnees, doar o duzină de oameni scapă. In 1779 Guvernatorul Juan Bautista de Anza învins Comanches. Campanii împotriva apașilor, 1775-90, a reușit să aducă pace temporară.
Transferul Louisiana în Statele Unite în 1803 a fost văzută ca o nouă amenințare la adresa dominației spaniole. Zebulon M. Pike și partidul său explorarea de 1806-1807 au fost luate prizonieri, escortat înapoi la Louisiana Territory, și eliberat. Autoritățile spaniole au fost mai putin succes in stoparea bărbații munte (trappers blana), care au făcut Taos sediul.
Perioada
mexican
Mexic a devenit independentă în 1821 și New Mexico a devenit o provincie mexican. (Acesta a fost desemnat un teritoriu în 1824 și un departament în 1836.) In 1821, de asemenea, William Becknell venit la Santa Fe de la Franklin, Missouri, pe Trail Santa Fe, incepand un comerț pe uscat care în curând a devenit extrem de profitabil.
Pueblo indieni revoltat în 1837, a luat Santa Fe, și instalate José Gonzales a Taos ca guvernator. El a fost învins și ucis de trupele mexicane în 1838, și autoritatea guvernului mexican a fost restabilită. În 1841 noul Republica Texas, care a revoltat împotriva Mexicului, a trimis o expeditie de soldați și comercianților în New Mexico. Scopul său a fost să preia centru comercial din Santa Fe și de a stabili autoritatea de Texas în New Mexico, partea de est a Texas care a afirmat ca o parte a teritoriului său. Bills au fost supuși de către New Mexico miliție și nu a reușit să atingă scopul lor.
În 1846 război între Mexic și Statele Unite au început, și o armată sub generalul de brigadă Stephen Watts Kearny luat Santa Fe. El mărșăluit pe California, lăsând William Bent guvernato
