Lupta controlul asupra râului Mississippi a adus repede războiul în Mississippi. Cele mai multe dintre marile orașe au fost ocupate de forțele Uniunii în 1862, și a căzut în 1863. Vicksburg reconstrucția ani au fost cele amare. Cea mai mare parte a populației de culoare albă a pierdut votul său, iar guvernul de stat a fost în mâinile nordicilor și negri până 1875.
Century 20
Cultivate în cadrul unui sistem de cultivare în parte, din bumbac nu se mai face Mississippi prosperă. În muntele fermierii albi, ironic numit "rednecks" sau "peckerwoods", a devenit la fel de sărac ca arendasii negre.
La inceputul anilor 1900 mai mult de jumătate din populația Mississippi a fost negru, dar negrii au fost refuzat vot prin aplicarea rigidă a unei cerințe de alfabetizare-test în 1890 constituție. Una dintre cele mai de succes lideri politici ale statului a fost Theodore Bilbo (1877-1947), care a fugit de birou pe o platformă de supremație alb. El a servit de două ori ca guvernator înainte de a fi trimis la Senatul Statelor Unite în 1934, unde a rămas până la moartea sa.
După 1960 negrii nu se mai face la majoritatea adultilor de varsta de vot, ci o mișcare să se înregistreze pentru negrii vot sa întâlnit cu rezistență uniformă. În 1962 un tribunal federal a ordonat Universitatea din Mississippi sa se inscrie James Meredith ca primul elev negru. Defiance de ordinul a fost condusă de guvernator Ross Barnett, și revolte grave a izbucnit la universitate. Au fost necesare trupe federale pentru a ajuta la Meredith intra la universitate. Alte violență rasială incluse uciderea în 1963 a liderului drepturilor civile Medgar Evers, și în anul 1964 de trei lucrători de drepturile civile.
La mijlocul anilor 1960, participarea la viața politică a crescut negrilor. În 1969 Charles Evers, fratele Medgar, a fost ales primar al Fayette-primul primar negru din oraș biracial Mississippi de la Reconstrucție. De asemenea, în sfârșitul anilor 1960, opoziția alb la integrarea școală publică a dus la tulburări rasiale. De la începutul anilor 1970, de tribunal a ordonat desegregare de școlile publice de la toate nivelurile a fost în curs de desfășurare.
În 1969, Mississippi Band a Choctaw indieni a deschis o companie de constructii pentru a construi case pentru membrii tribului. Aceasta a crescut foarte mult bogăția grupului și a făcut această bandă unul dintre angajatorii de top din cele de stat.