Inchiziția a început în mod oficial cu Papa Grigore al IX-(Papal Inchiziției). În 1231, el a emis un taur, sau decret, care a stabilit un sistem tribunal tribunal pentru a încerca eretici și le pedepsi. El a ales Ordinul Dominican, cunoscut ca fiind foarte bine educat și cunostinte vaste despre teologie complexă, pentru a efectua Inchiziția.
Inchiziția spaniolă a fost unic prin faptul ca a fost stabilit de conducătorii seculari, Regele Ferdinand și reginei Isabella II , cu aprobarea Papei Sixtus IV. Monarhia a fost catolic, și tocmai unit două regate, Aragon și Castilia, ca o singură țară în secolul al 15-lea. Motive pentru Inchiziția a inclus o dorinta de a crea unitatea religioasă și slăbi autoritățile politice și alianțelor familiale locale. Bani a fost un alt motiv - pentru guvernul a făcut un profit de confiscarea proprietatea celor găsiți vinovați de erezie. Istoricii speculeaza ca monarhia convins Papa Sixt al IV-lea, pentru a permite inchiziția prin amenințarea de a elimina trupele spaniole din Roma, unde au fost necesare pentru a preveni un atac de Turcia.
Mulți cetățeni proeminenți au fost preocupați de diversitatea religioasă țării lor și a avut atitudini bigoți față necatolici. Evreii au fost supuși unor atacuri violente cunoscute sub numele de pogromuri și izolate în ghetouri. Mulți au fost uciși. Inchiziția a fost înființată oficial în 1478, iar evreii au fost alungați cu câțiva ani mai târziu, când Regele Ferdinand al II-lea a emis decretul Alhambra din 1492, prin care se dispune-le să plece sub pedeapsa cu moartea. Mulți evrei sa convertit la catolicism. Aceste convertiți erau uneori numite marranos (spaniolă pentru " porc " și un termen foarte peiorativ) și acuzat de secret continuă să practice iudaismul. Ei au devenit ținte ale Inchiziției.
Spania a cucerit Granada, o regiune populată în mare parte de către musulmani mauri, în secolul al 15-lea. Musulmanii au suferit opoziție și persecuție similară cu cea a evreilor, până când au fost alungați în 1502, în numele unității religioase și culturale. Convertiți musulmani la catolicism, numite Moriscos (spaniolă pentru " maur "), au fost orientate pentru aceleași motive ca și convertiți evrei. În secolul al 16-lea, protestanți, în princ
