În luna martie 1939, trupele lui Hitler invadat și ocupat restul Cehoslovaciei. Boemia și Moravia au fost anexate la Germania; Slovacia a fost înființat ca un stat independent sub protecția germană. Un război-time guvern in exil a fost instituită prin Beneš la Londra în 1940. În timpul al doilea război mondial, cehoslovacilor purtat război de gherilă împotriva forțelor de ocupație naziste. Unul act de represalii de către naziști a fost distrugerea completă a satului Lidice. Țara a fost eliberat de trupele sovietice și americane. 1944-45.
Comuniștilor acapara puterea
După război, granițele dinainte de război Cehoslovaciei au fost restaurate, cu excepția vârful de est a țării (Rutenia), care a fost încorporată în Uniunea Sovietică. Majoritatea germanilor din Sudeți au fost expulzați. Un guvern de coaliție, care a inclus comuniști, a fost organizat cu Beneš ca președinte. Cu țara sub presiune constantă din partea Uniunii Sovietice, partidul comunist din Cehoslovacia a fost în măsură să crească puterea. Până în februarie 1948, comuniștii au fost suficient de puternice pentru a prelua controlul guvernului. Curând după aceea, ministrul de externe Jan Masaryk, fiul primului președinte și un lider anti-comunist, a fost găsit mort în circumstanțe misterioase. În luna mai, 1948. o constituție mai restrictivă a înlocuit constituția democratică a 1920. În luna următoare, Beneš a demisionat, defalcate atât în domeniul sănătății și în spirit.
Noul guvern a fost puternic influențat de Uniunea Sovietică și menținut aproape relațiile comerciale și culturale cu alte țări prin satelit sovietice. Toate industriile au fost naționalizate. Toate opoziția față de regimul comunist a fost eliminat. Sub Antonin Novotny, care a devenit parte comunist} șef în 1953 și președinte al Cehoslovaciei în 1957, guvernul a fost unul dintre cele mai represive din Europa de Est. În 1960 a fost adoptată o nouă constituție, proclamând Cehoslovacia un Republicii Socialiste în vigoare, a făcut subiectul guvernului de a voinței partidului comunist.
De ceva timp, presiunile au fost de montare printre oamenii de o liber
