Pizarro a fost făcută o marchiz de regele Carol. Almagro, partenerul său, a primit guvernator de ceea ce este acum Chile și sudul Bolivia. Amărât că provinciile sale erau săraci, Almagro a început un război cu Pizarro. Între timp, incașii răzvrătit. Pizarro a reușit să învingă atât dușmani și a trebuit Almagro a pus la moarte în 1538. El a fost ucis de suporteri Almagro în 1541.
Gonzalo Pizarro
(1506? -1548) Însoțit jumătate fratele său în cucerirea Peru. El a fost făcut guvernator al Quito (acum în Ecuador), în 1539. Gonzalo început o expediție spre est în 1540 pentru a explora interiorul America de Sud. Un deficit de aprovizionare cauzate de cele mai multe expediției să se întoarcă, dar unele dintre barbati a continuat; condus de Francisco de Orellana, au devenit primii europeni să călătorească lungimea fluviului Amazon. În 1544 Gonzalo ocupat Lima și a proclamat el însuși Viceroy (guvernator) din Peru. A ucis viceregele legal în 1546. Pedro de la Gasca a fost trimis de către regele spaniol a relua Peru; el a învins Gonzalo și-l executat pentru trădare în 1548.