În alegerile în aprilie 2001, Toledo și Alan Garcia Perez, fostul președinte, a primit cele mai multe voturi pentru președinte. Cu toate acestea, nici omul a primit o majoritate. La alegerile doilea tur de scrutin, în iunie, Toledo învins Garcia.
În 2003, pentru Adevăr și Reconciliere Comisiei Peru a estimat ca peste 69,000 de oameni au fost uciși în luptele dintre guvern și rebelii de stânga în anii 1980 și 1990. Comisia a fost creată de către guvern pentru a investiga crimele de război comise de ambele părți.
În 2005, Fujimori a părăsit Japonia și a zburat la Chile, unde a fost arestat. In 2006, guvernul a peruvian a solicitat oficial ca Fujimori fi returnate la Peru. Curtea Supremă de Justiție chilian este revizuirea cererii.
În alegerile prezidențiale din 2006, fostul președinte Garcia învins Humala Tasso Ollanta. Garcia a fugit ca un candidat de centru-stânga, reprezentând APRA. Humala a fugit ca un naționalist radical reprezentând Uniunii pentru Peru. De asemenea, în 2006, Shining Path lider Abimael Guzman a fost rejudecat și condamnat pentru terorism într-o instanță civilă. El a fost condamnat la închisoare pe viață.
