În secolul al IX-lea de vest Turkestan a devenit domeniul de musulman persan Samanids, care a făcut Bukhara (capitalul lor) un rival de Bagdad, în frumusețe și cultură. Controlul asupra regiunii a scăzut la turci în 999, și popoarele indigene au fost treptat absorbite de acestea.
Mongolii lui Genghis Khan au cucerit toată Asia Centrală în timpul 1219-1220, și Turkestan a devenit parte a Imperiului Mongol . Ordinea menținute de mongoli a făcut posibil ca Marco Polo a călători peste vechiul Drum al Mătăsii în China în anii 1270, iar comerțul a înflorit rezultat timp de mai multe secole.
Ca Imperiului Mongol a început să rupă în sus în secolul 14, Tamerlan a preluat puterea in partea de vest. Sub moștenitorii săi, cu toate acestea, s-au redus la imperiul regiunea Bukhara-Samarkand, și în secolul al 16-lea a dispărut. Turkestan a fost împărțită între un număr de principate beligerante turci. Silk Road a devenit prea periculos pentru a utiliza; Anthony Jenkinson, o comerciant englez, în 1558 ar putea merge mai departe decât est Bukhara. Rute maritime spre Extremul Orient a fost găsit, cu toate acestea, și Asia Centrală nu mai era important pentru lumea occidentală.
La mijlocul secolului al 18-lea Rusia în nord-vestul extins Turkestan, și China a început subjugarea regiunea sud. Avansuri teritoriale finale ale Rusiei a avut loc în a doua jumătate a secolului 19. In 1922 porțiunile vestice și centrale ale Turkestan a devenit parte a Uniunii Sovietice. Turkestan sovietic a fost format din uzbec, turkmenă, tadjică, Kârgâzstan, și o parte din Kazahstan Republicilor Sovietice Socialiste. În 1991, după prăbușirea Uniunii Sovietice, aceste republici au devenit independent.