Identificarea Troiei lui Homer a fost schimbat de la Troia II la Troia VI de Wilhelm Dörpfeld, un arhitect-arheolog german care a lucrat cu Schliemann, 1882-1890. Săpăturile Dörpfeld lui în 1893 și 1894 a arătat că clădirile și ceramica din Troia VI și o parte din Troia VII au fost similare cu cele din ruine grecești din timpul războiului troian.
Un al treilea schimbare în identificarea Troy lui Homer , de la Troia VI la Troia Vila, a fost făcută de Carl Blegen, lider al unei expeditii de la Universitatea din Cincinnati, 1932-1938. El a descoperit că Troia VI a fost distrus de un cutremur. Troy Vila, prima fază a șaptea așezării, datat din aproape în același timp și a fost distrus de un incendiu. Nimic rămas de partea centrală a orașului, care a fost nivelat de constructorii din Troia IX. Cu toate acestea, Blegen găsit ruinele multe case mici, aglomerate cu borcane mari de depozitare sub podele lor, care indica faptul ca Troy Vila ar fi putut fi ocupate de mai multe persoane în timpul unui asediu.