În 48 î.Hr. Iulius Cezar a adus armata sa în Egipt; în 30 î.Hr. Roma a anexat regatul lui Ptolemeu. Alexandria a rămas un centru comercial și intelectual timpul perioadei romane și a jucat un rol important în dezvoltarea bisericii creștine. În al treilea secol d.Hr. orașul a suferit mai multe catastrofe. Împăratul Caracalla, suspecta egiptenii de neloialitate, în 215 a ordonat un masacru al tuturor alexandrinilor de sex masculin cu vârsta militar. În 270 orașul a scăzut la Zenobia, regina de Palmyra, într-o luptă în care au murit jumătate din populație. Deși reluat de la Roma în anul următor, Alexandria a început o lungă perioadă de declin. În 642 orașul a fost luată de către musulmani, care au stabilit o nouă capitală la locul de ceea ce este acum Cairo.
După ce ruta mare din Europa la Indiile a fost descoperit la sfârșitul secolului al 15-lea, commerce Alexandria a diminuat rapid. La momentul invaziei lui Napoleon în 1798, populația a fost nu mai mult de 10.000. Mohammed Ali, care a devenit Pașa (guvernator) al Egiptului in 1805, a efectuat restaurarea portului și a orașului. Portul a fost îmbunătățită, un canal de Nil a fost construit pentru a oferi apă proaspătă, și noi zone rezidentiale au fost construite. Alexandria a fost legată de Cairo de cale ferată în 1856. Creșterea traficului după deschiderea Canalului Suez in 1869 a restaurat orașul într-o poziție de importanță.