Bohemian Reforma
În 1310 tronul Boemiei a trecut la un membru al familiei Luxemburg, apoi deține poziția Sfânt Împărat Roman. Sub împăratul Carol IV (1347-1378) Bohemia atins de Epoca de Aur. Universitatea din Praga, fondată în 1348, a fost prima universitate din Europa Centrală. Activitatea intelectuala a condus la disensiuni religioase, care a devenit larg răspândită, sub conducerea lui John Huss reformatorul (1,369? -1415). Trădat de împăratul Sigismund, care l-au promis un comportament în condiții de siguranță la un consiliu al bisericii să-și apere punctul de vedere și apoi a permis Consiliului să-l aresteze pentru erezie, Huss a fost ars pe rug. Acest lucru a provocat revolta de către adepții lui Huss, care au cerut atât reforme religioase și politice și, atunci când Sigismund moștenit tronul Boemia în 1419, a refuzat să recunoască noul rege. Rezultate Hussite Wars sa încheiat în 1434 numai atunci când un consiliu bisericesc a fost de acord să accepte husiți moderate ca membri ai Bisericii Catolice.
Un nobil husit, George de Podebrad, a fost ales rege al Boemiei în 1458. În 1462, Papa Paul II l demis, și din nou a fost lupta. George a recăpătat tronul cu ajutor din Polonia, și pe moarte a părăsit tronul unui prinț polonez, Ladislas II, care a devenit in scurt timp monarh al Ungariei, de asemenea,. Când fiul și succesorul Ladislau a fost ucis in 1526 lupta cu turcii, ambele tronuri trecut prin căsătoria cu Ferdinand de Habsburg, arhiducele de Austria și, din 1556, Împărat Roman. Din acel moment conducătorul Habsburg a Austriei a fost, de asemenea, monarh al Boemiei.
Un conflict religios între populația în mare parte protestantă din Boemia și habsburgilor catolici au dus în 1618 la izbucnirea Războiului de Treizeci de Ani. Bohemians au fost în totalitate înfrânți de forțele catolice și a pierdut aproape toate voce în guvernul țării lor. Toate bisericile protestante au fost scoase în afara legii. Boemia (sau Moravia) Fraților, biserica fondată de husiții, a fost aproape distrus.
Habsburgic Era
Persecutarea protestanților în Boemia de conducătorii săi