Coasta de Borneo a fost punctată cu porturi mici lungi înainte de europeni au ajuns în Asia hinduși stabilit în zonele de coastă cât mai devreme. ca al 6-lea d.Hr., urmată de musulmani în 15-lea și începutul secolului 16..
Când comercianții portughezi vizitat pentru prima Borneo în secolul 16, sultanul din Brunei, a decis de cele mai multe coasta de nord a insulei. Restul de Borneo a fost sub conducerea domnitorilor locali. Portughezii, și mai târziu olandez și britanic, comercializate cu Borneo în secolele 17 si 18, dar europenii nu a făcut nici impact major până la mijlocul 1880 anilor. În 1841 James Brooke, un englez, sa făcut Rajah a Sarawak de sultanul din Brunei, în schimbul pentru a ajuta la eliminarea pirateriei și de a suprima triburile rebele. Controlul olandez a fost stabilit pe zone din sudul Borneo de anii 1850. Britanicii extins rapid controlul, reducerea Sultanatul Brunei la o enclava mici de pe coasta de nord.
În 1888 Brunei, Sarawak, Borneo și de Nord a devenit protectorate britanice. Patru ani mai târziu, granița a fost fixată între posesiunile britanice și olandeze de pe insula. În timpul al doilea război mondial o parte din zonele de coastă din Borneo au fost ocupate de către japonezi. În 1946 Sarawak și Borneo de Nord s-au făcut colonii britanice, dar Brunei rămas un sultanat protejat-britanic. Olandeză Borneo a fuzionat cu Sumatra, Madura, și Java în 1949 pentru a forma Indonezia.
În 1963 Sarawak și Borneo de Nord (redenumit Sabah) s-au alăturat Malaya și Singapore, în formarea țară independentă de Malaezia. Opoziția Indonezia la crearea Malaeziei a dus la un conflict armat pe Borneo; lupta sa încheiat în 1966. Brunei a devenit independenta in 1984.
