Burundi a revenit la regim civil in 1974, dar guvernul a rămas instabilă. In 1976 un grup de militari a preluat controlul, dar regula civil a fost restaurată în 1982. În timpul 1985-1986, guvernul s-au ciocnit cu Biserica Romano-Catolică, susținând biserica a fost de sprijin interese hutu. Preoții au fost închiși sau expulzați și școlile catolice au fost preluate de către guvern. În 1987 un grup militar a răsturnat guvernul; preoți au fost eliberați din închisoare și a proprietății catolic a fost returnat.
În alegerile, a avut loc în luna iunie, 1993, hutu a câștigat președinția și controlul parlamentului. În octombrie, președintele a fost ucis de ofiteri de armata tutsi într-o lovitură de stat, și violență izbucnit între hutu și tutsi, lăsând unele 100.000 de morți. Lovitura de stat a eșuat, iar guvernul Hutu dominat rămas în pawer până în 1996, când a fost răsturnat de armata.
În 2000, guvernul și mai multe grupuri rebele a semnat un acord de pace. În 2001, a fost adoptată o constituție de tranziție, și Buyoya devenit președinte al unui guvern de tranziție. În februarie 2005, alegatorii a aprobat o nouă constituție care să garanteze atât hutu și tutsi o anumită parte de locuri legislative, posturi de cabinet, și roluri militare. În iulie 2005, au avut loc alegeri pentru o Adunare Națională și Senat. În septembrie 2006, guvernul și grupul rebel rămas doar, Forțele de Eliberare Națională (FNL), a semnat un acord de încetare a focului.
